На территории республики протекает более 30 000 рек общей протяженностью около 150 тыс. км. Реки республики относятся к трём крупным водным бассейнам: озера Байкал, рек Лены и Ангары. К наиболее значительным водоёмам относятся Гусиное, Большое Еравное, Малое Еравное, Баунт.
