Основна тема роману — зло й аморальність рабства. Стоу вплітає в канву твору й інші теми, наприклад материнську відповідальність та перевиховну силу християнства, але вони тільки допомагають у розкритті теми жаху рабства. Іноді вона вкладає осуд руйнівної природи рабства в уста епізодичних персонажів, на кшталт того, коли біла жінка на пароплаві говорить: «Найжахливіше в рабстві те, як на мене, що воно глумиться над почуттями й прив’язаностями людини, наприклад, коли розлучаються сім’ї». Саме цю рису цього «дивного інституту» Стоу виставила на передні. У тексті роману дві сюжетні лінії: доля дядька Тома та випробування Елізи та її чоловіка Джорджа. Їхні долі показують жахливе становище темношкірих у рабовласницькому суспільстві. Проте доля Тома — доля покірного раба, а доля Елізи та Джорджа – це історія про протест проти несправедливості, що вчинили з ними «добрі» господарі. Долі героїв, «виходячи з однієї точки» — з будинку Шелбі, — потім перетинаються і йдуть паралельно.)
Образи Елізи, яка втекла з рабства разом із сином і зуміла об’єднати родину, та Єви, як «ідеальної християнки», Стоу викристовує, щоб показати, як жінка на її погляд може врятувати своїх ближніх навіть від найжостокішої несправедливості. Хоча пізніше критики зауважували, що жіночі образи Стоу не реалістичні, що вони є тільки кліше жінки-домогосподарки, роман Стоу «ще раз стверджує важливість жіночого впливу» і прокладає шлях до боротьби жінок за свої права в наступні десятиліття. Пуританські релігійні переконання Стоу звучать в ще одній темі — дослідженні природи християнства. Стоу намагається показати, що християнська теологія принципово несумісна з рабством. Ця тема звучить найбільш очевидно тоді, коли Том закликає Сент-Клера після смерті доньки «шукати Ісуса». Коли помирає сам Том, Джордж Шелбі промовляє «Ось що значить бути християнином». Осклільки тема християнства настільки важлива для роману, й тому, що Стоу часто прямо від імені автора розмірковує над проблемами віри й релігії, «Хатина дядька Тома» «набуває звучання проповіді».
У тексті роману дві сюжетні лінії: доля дядька Тома та випробування Елізи та її чоловіка Джорджа. Їхні долі показують жахливе становище темношкірих у рабовласницькому суспільстві. Проте доля Тома — доля покірного раба, а доля Елізи та Джорджа – це історія про протест проти несправедливості, що вчинили з ними «добрі» господарі. Долі героїв, «виходячи з однієї точки» — з будинку Шелбі, — потім перетинаються і йдуть паралельно.)
Образи Елізи, яка втекла з рабства разом із сином і зуміла об’єднати родину, та Єви, як «ідеальної християнки», Стоу викристовує, щоб показати, як жінка на її погляд може врятувати своїх ближніх навіть від найжостокішої несправедливості. Хоча пізніше критики зауважували, що жіночі образи Стоу не реалістичні, що вони є тільки кліше жінки-домогосподарки, роман Стоу «ще раз стверджує важливість жіночого впливу» і прокладає шлях до боротьби жінок за свої права в наступні десятиліття.
Пуританські релігійні переконання Стоу звучать в ще одній темі — дослідженні природи християнства. Стоу намагається показати, що християнська теологія принципово несумісна з рабством. Ця тема звучить найбільш очевидно тоді, коли Том закликає Сент-Клера після смерті доньки «шукати Ісуса». Коли помирає сам Том, Джордж Шелбі промовляє «Ось що значить бути християнином». Осклільки тема християнства настільки важлива для роману, й тому, що Стоу часто прямо від імені автора розмірковує над проблемами віри й релігії, «Хатина дядька Тома» «набуває звучання проповіді».