При Алексее Михайловиче исчезли приказы столовых и счетных дел, полоняничный, денежной раздачи, литовский, лифляндских дел, т.к они были вызваны военными обстоятельствами. Кроме них, при нём были основаны приказ тайных дел, хлебный приказ, панихидный, счетных дел, строения богаделен, монастырский и другие.
