Скелет млекопитающихся состоит из тех же отделов, что и у пресмыкающихся, но имеет ряд отличий. Мозговой отдел черепа имеет относительно больший объём, чем у рептилий, что связано со значительным развитием головного мозга. Количество позвонков в шейном отделе всегда постоянное — 7 (и у длинношеего жирафа, и у маленькой мышки количество шейных позвонков одинаково); у пресмыкающихся шейный отдел представлен восьмью позвонками. Так же как и у пресмыкающихся, грудные позвонки вместе с рёбрами и грудиной образуют грудную клетку, но более прочную. Позвонки поясничного отдела подвижно сочленены между собой. Крестцовый отдел позвоночника срастается с костями таза. Число позвонков хвостового отдела зависит от длины хвоста. Скелет передних конечностей пресмыкающихся присоединяется к плечевому поясу, состоящему из тех же костей, что и у земноводных. Пояс передних конечностей млекопитающих, как у птиц, состоит из трёх парных костей: лопаток, вороньих костей и ключиц. Однако вороньи кости у млекопитающих полностью срастаются с лопатками. Пояс задних конечностей — таз — образован тремя парными тазовыми костями. Скелеты конечностей у млекопитающих и пресмыкающихся сходны, однако детали их строения у разных видов отличаются и зависят от условий обитания животного.
Строение скелета млекопитающих и пресмыкающихся в общих чертах сходно. Это неудивительно, так как они являются родственными группами позвоночных животных. Отличия в строении скелета небольшие. Так, у млекопитающих мозговой отдел черепа значительно больше, чем висцеральный (лицевой). В шейном отделе позвоночника всегда семь позвонков, несмотря на размеры животного и длину его шеи. Поясничный отдел позвоночника у большинства млекопитающих очень подвижен, поэтому животные в этом отделе могут сгибаться и разгибаться. В плечевом поясе коракоиды (вороньи кости) приросли к лопаткам и утратили свою самостоятельность (кроме первозверей).
