Обычно простейших классифицируют по типу движения и наличия органов для этого - ложноножки-псевдоподии (корненожки), реснички (инфузории), ундулирующие мембраны (у трипаносом) (класс кинетопластиды), жгутики (жгутиковые) и т.п. Свободноживущие простейшие имеют органы движения, у внутриклеточных паразитов отсутствуют пищеварительные вакуоли, иногда простейшие образуют многоядерные клетки, дыхание бывает и аэробное и анаэробное, размножение как половое так и бесполое, образуют цисты при неблагоприятных условиях жизни.
