Внутрішня та зовнішня будова клітин водоростей різноманітна. Клітини можуть бути покриті клітинною оболонкою або голі. Основний структурний елемент клітинної стінки - целюлоза. Для деяких видів водоростей характерна наявність джгутикового апарату, що складається із різного числа джгутиків.
