Вот предложение #1: «я думал, что неправильно прочитал слово» вот предложение #2: «я думал, что не правильно прочитал слово» какой вариант правильный?

Первый,"Я думал,что неправильно прочитал слово"

Правильный 1-ый вариант.

Если наречие употребляется со словами, обозначающими степень качества: очень, весьма, крайне, почти, совершенно, чрезвычайно, совсем, то оно пишется слитно с частицей НЕ.
Пример: совершенно неправильно.