в выделении грамматической основы. знаки препинания - это как нотные знаки. знаки препинания - это целиком подлежащее, или подлежащее - это знаки? и, получается, сказуемое - "это как нотные знаки", цельное словосочетание?

В данном предложении нет причин объединять определяемое и определение в цельное словосочетание.

Знаки (подлежащее)

Это знаки (составное именное сказуемое)

препинания (несогласованное определение)

нотные (согласованное определение)