Почему в слове глубоким озером им окончание а на верху слово озером крестик,почему?

Озером (каким?) глубоким - какое окончание в вопросе, такое и в ответе.

А крестик стоит потому, потому что крестиком обозначается главное слово в словосочетании. а в словосочетании "глубоким озером" главное слово - озером.

Озером* (каким?) глубокИМ. Словосочетание стоит в Т.п., поэтому окончание у прилагательного такое же,как в вопросе- ИМ. Глубоким- зависимое слово. Озером*- главное слово, поэтому над ним ставится крестик.