Если слово ерши в транскрипции йиршы, то как это соотнести с правилом, что в начале слова е обозначает звуки йэ?

Слово ерши. В транскрипции будет [ Й' Э Р Ш Ы]
Потому что мы говорим Ерши, а не Ирши.

З.