Почему у падежа два падежных вопроса?

Потому что один вопрос, например, кого идет для одушевлённых предметов как собака черепаха и т. д. 
второй же вопрос отвечает за неодушевлённые предметы такие как парта стол шкаф и т. п.
сделай как лучший)