Что означает число над словом например фрегат 1, фрегат 2

Это означает цифру разбора.
1 - фонетический разбор (по звукам)
2 - морфемный разбор (по составу)
3 - морфологический разбор (слово, как часть речи) 
4 - синтаксический разбор (предложения)