Был серый, неприятный день с холодным пасмурным небом. объясни отсутствие запятой между второй парой определений.

Тут отсутствие запятой, так как "Серый" и "Неприятный" это однородные члены предложение, и между ними всегда стоит запятая. А "Холодным" это  не однородный член предложения.Вот:
День-подлежащие,
Был-сказуемое,
Неприятный-определение, однород. член(день какой?-неприятный),
Небом-дополнение(день с чем?-с небом),
Пасмурным-определение,(небом каким?-пасмурным.)
ХолоднымИ так далее.