Какие окончания в д,п у существительных пустошь и рукопись (одинаковая или разное окончания ) почему ?

Окончание И. Одинаковое, потому что оба слова склоняются как сущ. Ж. Р , заканчивающиеся на "ь" в третьем склонении.

Если все же речь идет о склонении( о чем  стоит написать автору вопроса), то ответ будет таков : " В существительных третьего склонения пустошь  и рукопись в родительном, дательном и предложном падежах пишется И ". В женском роде могут стоять  и существительные первого склонения. 
 Ключевое слово в объяснении третье СКЛОНЕНИЕ.