Морфемный разбор слова геннадий, вообщем корень нужно определить

Геннадий - всё слово корень.
окончание -нулевое

Геннадия - (г` э н а д` и й` а) появляется окончание -а,корень же остаётся таким же Геннадий (смотри фонетику).

Не смотреть на сокращение имён (здесь Гена),мало ли как имена сократят в домашнем кругу (Гена,Геша и пр.).Так и с другими именами.
Например,Василий - корень Василий,а Вася не при чём,в слове Вася корень Вас-.