Объясните зависит ли их значение от ударения выходит пахнуть село

Значение слова выходит от ударения не зависит.
Пахнуть зависит ПАхнуть значит иметь запах, издавать запах. Например: Волосы пахнут шампунем. В комнате пахнет цветами. ПахнУть значит пахать. Крестьянини всппхнул поле.
Село тоже зависит. СелО - это населенный пункт, деревня.
СЕло - форма времени среднего рода от глагола сидеть. Например: солнце село.