Нужно ли ставить запятую между союзами( и - если) в предложении: мать не хотела отпускать сына,когда он собирался в командировку и если бы не наказ отца,она бы всю жизнь держала его около себя.

Надо ставить запятую

Конечно, запятая всегда должна стоять в сложных предложениях перед буквой "и, но, а" это там где 2 подлежащих и сказуемых