В Башкортостане насчитывается более 12 000 рек и около 2700 озёр, прудов и водоемов. Богаты подземные водные источники. Крупнейшие реки: Белая (Агидель) (1430 км) и её притоки Уфа (918 км), Дёма (535 км), Большой Ик (341 км), Сим (239 км), Нугуш (235 км), Уршак (193 км) , Ашкадар (165 км), Стерля (94 км). Наибольшее количество озёр находится в зауральской части республики. Почти все озёра Башкирского Зауралья имеют продолговатую форму и вытянуты параллельно горным хребтам. Озёра эти обильны рыбой (до 40 видов). Среди озёр западной части Башкортостана наиболее крупными являются: Аслыкуль, имеющее площадь в 18,5 км², и Кандрыкуль с площадью в 12 км².
