Конечно же, речь идет о конце месяца. Автор мог бы просто так и сказать, что пахло сеном в конце июня, в конце месяца заготовки кормов на зиму. Но насколько выразительней, образней звучит замена всего лишь одного слова "в конце" другим -- "в ногах". Представляется что-то живое, связанное с человеком, который идет по скошенной душистой траве, вдыхая эти ароматы трав полной грудью. Здесь сопоставляются как бы два понятия -- конец и ноги, читатель воспринимает эти понятия в своем сознании близкими. А автор достигает такого художественного восприятия и бОльшей выразительности стихотворения за счет использования выражения в ногах июня в переносном значении. Такое художественное, образное определение называется эпитетом. В приведенной строчке именно эпитет используется с целью вызвать у читателя особое эмоциональное отношение к описанному.
