Объяснить выделенные орфограммы, а так же употребление запятой в предложение (орфограммы выделю заглавными) многие слова сами по себе излучают поэзию, подобно тому как драгоценные камни излучают таинственный блеск.

[Многие русские слова сами по себе излучают поэзию], [подобно тому как драгоценные камни излучают таинственный блеск].
Запятая стоит между двумя простыми предложениями в составе сложного, которые соединены союзом "как"
Слова - безударная проверяемая гласная О в корне слова -слов-, проверочное слово - "слОва"
Драгоценные - безударная непроверяемая гласная А в корне слова -драгоцен-, словарное слово
Таинственный - повторяющаяся буква Н в суффиксе отыменных (образованных от имени существительного) прилагательных. Корень -таин-. Две буквы Н пишутся, так как прилагательное образовано от существительного "тайна" с суффикса -енн-, не является исключением.