Объясните, , почему кот-ворюга в именительном падеже, ведь это не подлежащее в предложении: прочитали рассказ к. паустовского "кот-ворюга".

Это имя собственное поэтому и в именительном 

Кот-варюга является приложением, относящимся к слову "рассказ", поэтому стоит в такой же форме как и слово " рассказ"