Почему у существительных в одном падеже разные окончания ?

Потому что у имён существительных 3 склонения.

<Существительные в предложном падеже имеют разные окончания. Это происходит потому, что у слов разные склонения.У 1-ого и 2-ого склонения в Предложном падеже пишится буква е(о земле(1-е скл),о коне(2-е скл)),а в 3-ем склонении пишится и (о ночи)