1)грамматическая основа предложения "у него не было отца" я думаю, что ответ - "не было"(т.е только сказуемое) это так? 2)синоним слову "долговязый" "длинный" подойдёт или нет?

1. Да, "не было" - грамматическая основа данного предложения, так как предложение односоставное безличное. 
2. Долговязый - высокий, худощавый.

1) Не было
2) Впринципе, подойдёт