Почему перед но стоит запятая? целый новый ряд мыслей безнадежных,но грустно-приятных в связи с этим дубом ,возник в душе героя.

Перед противительными союзами а и но всегда ставится запятая

Запятая ставится либо перед "потому что", либо перед "что". Еще причастное предложение всегда отделяется запятой.