Почему слова "сЕдеть" нет в исключениях чередования гласных в корне? Или оно есть, но я почему-то нигде его не видела? Ведь там говорится, что если у слова корень сед/сид, то понять можно так: если "д" мягкая, то пишется сид, если твёрдая - сед. ([сед], [сид'])
У этого слова "д" мягкая, но почему-то пишется сЕдеть.

сЕдеть образовано от СЕДОЙ и проверяется краткой формой прилагательного С`ЕД. В этом корне не бывает чередования, гласный проверяется ударением.

Объяснение:

Корни СЕД и СИД не входят в список корней с чередованием гласных в корне.

Это корни, в которых безударная гласная проверяется ударением:

сЕдеть - сЕденький

сИдеть - сИдя

Наличие мягкой или твердой согласной "д", как и любой другой буквы, на конце корня НЕ считается основанием для включения корней в список исключений.