Почему слово "большинство" подразумевает меньшее количество? Например:
1) Ученики согласны с директором.
2) Большинство учеников согласны с директором.
То есть если есть большинство, то есть и меньшинство? Это так работает? Получается, что в первом примере подразумевается, что "все" ученики...?

Всё верно.

В первом случае нам просто говорят об их едином мнении.

А вот во втором уже есть большинство, которое за, и подразумевается меньшинство, которое, очевидно, против.

Если брать в пример слово "все", то "большинство" является чем-то меньшим. Если же брать в пример "меньшинство", то "большинство" будет обозначать большую часть.