Ситуация; учащийся, явно демонстрируя свое плохое отношение к кому либо из товарищей по классу, говорит: "я не хочу работать( учиться) вместе с ним".- как на это должен отреагировать учитель?

Учитель должен поговорить с учащимся , выяснить причину почему он так плохо относится к одному из товарищей . 

Спокойно.Прежде всего спокойно.Чаще всего это случается только для того что бы продемонстрировать свою неприязнь перед другими.Разберитесь в чём причины.Может быть ребёнок сказал так из-за того что его обижают.