Если бы новая теория начисто отрицала сложившиеся знания,наука вообще не смогла бы развиваться. где здесь подчинительная связь? здесь же нет союзов

а вот и нет. ты просто не заметил его. оно первое. это союз-если(союз условия)...

поэтому у тебя придаточное условия

Если - это союз, подчинительный, поэтому и предложение сложноподчиненное.