Но осталось только одно существо(,) и им оказался вовсе не человек...
Нужна ли там запятая?

Нужна.

Объяснение:

Две грамматические основы, соединенные союзом и (ССП).

да.

Объяснение:

существо (подлежащее) осталось (сказуемое).

не человек (подлежащее) оказался (сказуемое).

здесь 2 грамматические основы, поэтому должна быть запятая.