Птицы - самая многочисленная группа позвоночных животных заповедника. По последним данным в фауне ЦЧЗ и его охранной зоны насчитывается 226 видов пернатых, это около 80% всех птиц Курской области, из них более 90 видов гнездится на территории заповедника. Орнитофауна ЦЧЗ, в целом характерна для лесостепной части Курской области, но водоплавающие и околоводные птицы в ней представлены незначительно, в связи с дефицитом таких местообитаний на заповедной территории. В фауне птиц заповедника отмечены представители 17 отрядов. Из отряда Поганкообразных в охранной зоне была дважды отмечена черношейная поганка Podiceps nigricollis и несколько раз встречена чомга P. cristatus. В отряде Пеликанообразные один представитель – большой баклан Phalacrocorax carbo, встречается в период миграций на участке Букреевы Бармы и в его охранной зоне. Черношейная поганка Белая цапля Белый аист Отряд Аистоообразных насчитывает 7 видов. Большая выпь Botaurus stellaris и волчок (малая выпь) Ixobrychus minutus малочисленны и встречаются на прудах рыбхозов в охранной зоне и прилегающих местообитаниях участков Букреевы Бармы, Зоринский и Пойма Псла. Единственный раз отмечена залетная кваква Nycticorax nycticorax. Большая белая цапля Casmerodius albus в последние годы обычный, хотя и немногочисленный вид окрестностей участков Пойма Псла и Зоринский. Серая цапля Ardea cinerea довольно обычный вид для всей территории заповедника, но гнездится только на участке Пойма Псла в колонии, насчитывающей около 170-ти гнезд, это одно из наиболее крупных поселений в Курской области. В Курской области сосредоточена самая большая в Центрально-Черноземном регионе гнездящаяся группировка белых аистов Ciconia ciconia – на кормежке аисты отмечены практически на всех участках заповедника, на самой его территории они не гнездятся. Летом 2007 г. кочующая пара взрослых чёрных аистов C. nigra и одна молодая птица были впервые отмечены на Зоринском участке заповедника, в этом же году еще одна встреча произошла в охранной зоне участка Букреевы Бармы.
