Если в ответе they were in the zoo. то в вопросе who was in the zoo или who were in the zoo

Who was in the Zoo?

Так как в данном вопросе "Who" является подлежащим.

А вот в вопросе "Who the ones who visited the Zoo?" на месте многоточия ставится "were", потому что подлежащим является "the ones", и оно во множественном числе.