Учреждение является правопреемником государственного учреждения «Ямало-Ненецкий окружной краеведческий музей имени И.С.Шемановского» и государственного учреждения «Выставочный центр». История музея начинается в 1906-м году, когда в с. Обдорск (ныне г. Салехард) было создано «Хранилище коллекций по этнографии инородцев Тобольского Севера», впоследствии Ямало-Ненецкий окружной краеведческий музей, с 2002 г. – Ямало-Ненецкий окружной музейно-выставочный комплекс имени И.С.Шемановского. В 2016-м году музей отмечает своё 110-летие.
