Почему и за что так жестоко был наказан берлиоз

Берлиоз в упомянутом романе был наказан за упрямый, бестолковый атеизм, отрицание существования Бога и Дьявола. Это отчетливо видно на первых страницах романа и показано как отрицательное качество. Так что думаю, именно поэтому Берлиоз был наказан.