Гоголь имел ввиду РУССКИЙ ДУХ не только в значении ЗАПАХ, но и русскую ДУШУ, волю, силу. Именно в этом значении и боялась РУССКОГО ДУХА нечисть, чуяла сильного противника ее побороть. И Баба Яга и Кощей и другие персонажи, говорившие что чуят русский дух боялись что их ждет проигрыш.
