С конца 1739 года отношения между Генкелем и Ломоносовым начинают портиться и доходят до полного разрыва. Генкель видел, что его "ученикам нет никакой возможности изворачиваться двумястами рейхсталеров в год", - двумястами, так как ему удалось выхлопотать студентам прибавку в 50 талеров. Но профессор строго держался указаний, полученных им от Академии наук, и на Ломоносова дать ему денег отвечал решительным отказом. Это и привело к ссоре, закончившейся тем, что Ломоносов, никого не спросясь, покинул Фрайберг. И Генкель, и Ломоносов в своих письмах в Академию не жалели красок, представляя друг друга в самом непривлекательном виде. Первый распространялся о пьянстве, буйстве, драках второго и даже о "подозрительной переписке" с какой-то марбургской девушкой. Второй изобразил первого злым, алчным, хитрым, завистливым и даже малосведущим: "Сего господина могут почитать идолом только те, которые коротко его не знают. Я же не хотел бы променять на него свои хотя и малые, но основательные знания и не вижу причины, почему мне его почитать своею путеводною звездою и единственным своим " и так далее.
