Існує кілька модифікацій хлорофілів (а, b, с, d), що відрізняються системою спряжених зв’язків у молекулі і заступниками, а отже, і спектрами поглинання. Всі рослини і оксифотобактерии в якості основного пігменту містять синьо-зелений хлорофіл а, а в якості додаткових — зелено-жовтий хлорофіл b (всі вищі рослини. зелені водорості і эвгленовые водорості ). У бурих водоростей. діатомових водоростей і динофлагеллят замість хлорофілу b функціонує хлорофіл с, а у багрянок — хлорофіл d (фотосинтеаирующие бактерії (не ціанобактерії) містять пігменти — або бактеріохлорофіл (пурпурні бактерії), або хлоробиум-хлорофіл (зелені сірчані бактерії). Хлоробиум-хлорофіл містить замість залишку фитола залишок сесквитерпеноидного з’єднання — фарнезила).
