2примера разнородных молекул отличающихся друг от друга только тем что их атомы соединены различным образом или в различном числе.

Молекула состоит из атома.Сутью определения: молекулой называется структурная единица ВЕЩЕСТВА, минимальная, имеющая его химические свойства и постоянный состав, а атомом - те единицы, из которых эти молекулы состоят. 
А что касается размеров - так ведь есть ОДНОАТОМНЫЕ молекулы: 
молекула гелия например состоит из одного-единственного атома гелия, то есть как реальные физические объекты в этом случае молекула и атом совпадают. И размер у такой - порядка 1 А. 
Но для подавляющего числа веществ всё-таки молекулы состоят из атомов химических ЭЛЕМЕНТОВ. И число атомов (и размеры молекул) - очень разные, когда 1-2 атома - то размеры несколько ангстрем, а кода миллионы - то и до долей миллиметра и даже нескольких миллиметров в длину доходить дело может