Арал теңізі, Кайнозой дәуірінің орта шетінде, яғни бұдан 21 млн. 1200 жылбұрын Каспий теңізіне қосылып жатқан. Бұған теңіздің терістік бетіндегі қазіргіСарышығанақ, Ақеспе тұсынан 80 метр тереңдіктен Олигоцен уақытында өмір сүрген қызыл балықтың, ірі ұлудың,киттің омыртқа сүйектерінің тасқа айнала бастаған күйінде табылуы дәлел болмақ. Бұл теңіздің кезінде мұхитпенқосылып жатқандығын көрсетеді. Сондай-ақ Арал маңынан акуланың тісі мен сүйегі табылды. ХІХ ғасырдың орта кезіндегі Арал-Каспий ойпатының пайда болуы жөніндегі болжамдардан Арал бассейнінің геологиялық ерте кезеңдеЖерорта теңізімен тұтасып жатқан су айдыны екенін, оның кейінгі Альпілікдәуірлерде жер қыртысының көтерілуіне байланысты ұсақ су айдындарына бөлінгенін білеміз. Сондай-ақ, Арал теңізінің көлемі жайлы, Арал теңізі жайлы ұғымдар сонау ерте дүние әдебиеттерінде де кездеседі.
