Насколько я помню, раньше на Руси во всех книгах первая буква начала главы была красной, и расстояние от начала строки всегда отступали. В наше время так не принято делать, но выражение осталось, в значении начинать новый абзац, отступая какое-то расстояние от начала строки.
