Почему царский манифест от 3 июня 1907 г. традиционно трактуется как государственный переворот?

Потому что тогда до была распущена 2 Гос.Дума Империи. Оппозиционеры это считали антиконституционным переворотом Николая 2. Таким образом, достижения революции 1905 года сошли на нет