Последние несколько лет жил в городе Гродно, где реконструировал Старый замок под новую королевскую резиденцию, но в декабре 1586 года скоропостижно скончался от уремии (вскрытие его тела считается первым таким медицинским актом, задокументированным на территории Восточной Европы); в Гродно он был первоначально и похоронен, но позже его гроб перевезли в Краков и захоронили на Вавеле.
