Причиной войны стало стремление Московского государства завладеть удобными гаванями на Балтийском море и установить прямые торговые связи с Западной Европой.
Ещё в ходе первого этапа Ливонской войны у Иоанна Грозного были претензии к его воеводам. В 1563 году царю изменяет один из воевод, командовавший русскими войсками в Ливонии, — князь Курбский, который выдаёт агентов царя в Ливонии и участвует в наступательных действиях поляков и литовцев, в том числе в польско-литовском походе на Великие Луки. Его измена убеждает Грозного в том , что против него сговорились бояре , поэтому требуются чрезвычайные меры в виде опричнины.
