Годунов поклялся, что не будет проливать кровь в течение пяти лет, будет править справедливо и милостиво. Он приказал выдать дворянам задержанное ранее жалование, многих повысил в чинах. Для облегчения участи простых людей царь отменил все недоимки по налогам, облегчил сами налоги. Всячески поощрял торговлю, предоставлял купцам различные льготы. Стремился возвышать незнатных, но дворян, противопоставляя их родовитому боярству. Но взамен он требовал от дворян честной и деятельной службы, что не нравилось многим, стремившимся к вольной и необременительной жизни. К тому же, Борис преследовал казаков, что вызывало их резкие протесты. В лице казачества князь приобрел себе серьезного врага. Пытался царь навести порядок и в приказах, пресечь взяточничество. Уличенного во взятках дьяка возили по всему городу и секли плетью, при этом на его грудь вешали мешок с взяткой. Но взятки искоренить не удалось, мздоимцы лишь стали осторожнее, таким образом, приказные люди также стали злейшими противниками нового царя. Он ценил западную культуру и поддерживал книгопечатание. При нем на окраине Москвы расцвела Немецкая слобода Кукуй. А также он, первый из русских царей, кто стал посылать детей дворян за границу для обучения. Особой страстью нового царя стало строительство. По его повелению были построены первые каменные торговые лавки в Москве и каменный мост через реку Неглинку. При нем достроили колокольню Ивана Великого, построили каменный Астраханский кремль, множество храмов и других сооружений. Царь заботился и о благоустройстве столицы. Открывал приюты для нищих, приказывал оделять бедных людей продовольствием, одеждой деньгами.
