Боевые действия велись в основном на территории современных Эстонии, Латвии, Белоруссии и Северо-Западной России. В 1561 году по Виленским договором Ливонская конфедерация была ликвидирована, часть её территории преобразовывалась в вассальное по отношению к Великому княжеству Литовскому герцогство Курляндия и Семигалия, другая же непосредственно вошла в состав Великого княжества Литовского.
