В период Великой отечественной войны всемирно известный памятник погиб. Красная армия обратила храмы на Нередице, в Волотове и тому подобные одиночно стоящие памятники «в долговременные огневые точки». Как следствие, церковь на Нередице попала под огонь фашистской артиллерии и была обращена в руины. Огонь вели с западного берега Волхова, из Юрьева монастыря, захваченного фашистами, и поэтому лучше всего уцелели восточные стены церкви: апсиды и небольшие куски северной и южной стены. Практически все росписи были утрачены.
