Южный Алтай расположен между рекой Бухтармой на севере, озером Зайсан и рекой Черный Иртыш - на юге. На западе долина Ертыса отделяет его от Калбинского хребта. На востоке Южный Алтай сливается с плоскогорьем Укок. Отсюда на запад и юго-запад отходят две цепи горных хребтов. Их разделяют реки Курчум и Каргоба. На юге расположена система хребтов Тарбагатай (2739 м), Сарымсакты (3373 м) и Нарым (2400 м), которые относятся к северной части Южного Алтая, а к его южной части относятся Южно-Алтайский (3483 м) и Курчумский (2644 м), хребты Сарытау (3300 м) и Азутау.
