Мне умоляю почему сотни тысяч молекул могут быть созданы из примерно 100 различных типов атомов

Гораздо больше, около 60 млн. веществ во вселенной. Но комбинация атомов у всех разная. И даже если атомы одинаковы, то строение может создать разные вещества. Из углерода состоят и графит, и каменный уголь и алмаз.