Если поднять камень, то потенциальная энергия камня и, следовательно, каждой его частицы увеличится. означает ли это, что внутренняя энергия камня тоже увеличится? поясните свой ответ

Да,изменит,из-за изменения скорости частиц тела камня,т.е из-за совершаемой над ним работой.