Какие периодические процессы в природе позволяют вести учёт времени

Смотря о каком промежутке идёт речь.
если речь идёт о годах - можно ориентироваться по кольцам ствола деревьев.
если речь идёт о месяцах - можно ориентироваться по листве. (для нашего теплового, умеренного пояса)
если речь идёт о сутках - можно ориентироваться по приливам и отливам.
если речь идёт о более точном измерении - только по солнцу.