По третьему закону Ньютона, Коробка и трактор действуют друг на друга с одинаковой силой. Но трактор будет двигать коробку, а коробка не будет двигать трактор. Почему вдруг считается что эти силы равны? Если по факту сила трактора больше??

Начнём с того что сила между ними не определяется тем что трактору хватило мощности сдвинуть коробку, если начать с простого что F=mg, то поймём что нам неважно сдвинется ли с места коробка, а если брать в расчёты то что и в примере где равнодействкющая сила, опять же не заметим пункта про то что должно что-то сдвинуться.